Moleküler sarkaç, enzimlerde hızlı hidrojen üretimini sağlamak için protonları hareket ettirir

Neredeyse tüm metabolik süreçler protonlara, yani pozitif yüklü hidrojen atomlarına ihtiyaç duyar. Bunlar hücresel sıvıda bol miktarda bulunmasına rağmen, ilgili biyokatalizörler, protonları verimli bir şekilde yakalayan ve onları katalizin gerçekleştiği yere taşıyan mekanizmalara bağlıdır. Mikroorganizmalardan gelen enzimler, elektronları protonlarla birleştirerek hidrojen (H₂) üretebilir. Hidrojenaz adı verilen bu enzimler o kadar verimlidir ki, bir biyokatalizör saniyede yaklaşık 10.000 proton yakalayabilir.